O setor de fisioterapia atua na organização com enfoque neurológico, tendo como objetivo realizar a estimulação das fases do desenvolvimento neuropsicomotor para aquisição, restauração e preservação da função dos pacientes com deficiência intelectual, múltipla e ou com transtorno do espectro autista.

Dentre as várias técnicas utilizadas pelos profissionais destacamos o Conceito Neuro Evolutivo Bobath e o Pediasuit, um método que utiliza uma vestimenta dinâmica e proprioceptiva, que juntamente com os elásticos e a gaiola de habilidades promove melhora da postura, dos movimentos e do alinhamento corporal.

O atendimento de fisioterapia é destinado aos alunos da Escola da APAE, sendo realizado no contraturno escolar. Quando necessário, os professores recebem orientações, principalmente com relação a posicionamento em sala de aula.

Os familiares acompanham os atendimentos quando necessário e são orientados sobre as atividades de continuidade em casa.

É de responsabilidade do fisioterapeuta as prescrições de órteses e demais dispositivos que promovam melhor qualidade de vida para os atendidos.