O setor de fisioterapia desempenha um papel fundamental na organização, com enfoque neurológico. Seu principal objetivo é estimular as fases do desenvolvimento neuropsicomotor, visando à aquisição, restauração e preservação das funções dos pacientes com deficiência intelectual, múltipla e/ou transtorno do espectro autista.

O atendimento de fisioterapia é destinado aos alunos da Escola da APAE e ocorre no contraturno escolar. Sempre que necessário, os professores recebem orientações específicas, especialmente relacionadas ao posicionamento adequado em sala de aula.

Cabe ao fisioterapeuta a responsabilidade pelas prescrições de órteses e outros dispositivos que contribuam para a melhoria da qualidade de vida dos atendidos.