O setor de fonoaudiologia da APAE é composto por fonoaudiólogos clínicos e audiologistas que atuam na habilitação e reabilitação da fala, linguagem oral e escrita, audição, motricidade (alteração de musculatura facial), respiração, deglutição (disfagia: dificuldade para engolir) e comunicação suplementar e/ou alternativa.
O trabalho é realizado em âmbito ambulatorial e assessoria às salas de aula, orientação aos pais e professores, musicalização, orientação em refeitório e grupo de expressão e teatro.